그람음성간균의 내성은 더 증가하여 광범위 베타락탐계 항균제를 파괴하는 베타락탐 분해효소(extended spectrum αlactamase)를 분비하 는 균들이 늘고 있고 심지어 이미페넴(imipenem)에도 내성인 균들이 발생 하고 있다. 내성은 원래 3차 병원에서 문제가 되는 경향이나 국내에서 그람음성간균 내성률은 2차 병원에서도 3차 병원과 비슷할 정도까지 되었다 (1). 이런 결과로 과거에 시행되었던 특정 항균제의 예방 효과에 대한 연구는, 항균제 예방의 원칙에 대한 몇몇 연구를 제외하고는, 의미를 평가하기 어렵게 되었다. 또한 앞으로는 항균제를 사용하는 예방보다는 내성을 막기 위한 항균제의 적절한 사용(2)과 격리나 손 위생과 같은 항균제 이외의 방법들이 강조된다. 2) 의료보험제도가 변해 포괄 수가제가 도입되어 입원기간과 치료비용을 줄이려는 노력들이 활발하다. 특히 예방 효과 외에 비용효과까지도 고려해야 할 시기가 되었다. 내시경을 통한 수술이 더 많은 영역에서 시도되고 있으며 이들에서도 예방적 항균제가 사용되고 있으나 과거에 비해 연구하기가 쉽지 않고 연구결과도 많지 않아 적절한 사용에 대해 알기가 어렵다.

반감기가 긴 항균제들이 개발되어 감염증을 집에서 주사로 치료(home in travenous therapy)하여 입원기간을 줄일 수 있게 되어 치료 비용 계산 근거가 바뀌었다. 3) 면역저하환자가 늘어 이들에게도 예방적 항균제를 투여하는 경우가 많아지고 있다. 후천성 면역결핍증이 대표적인 예로 보조 림프구(CD4) 수에 따라 예방 약제를 투여하고 있다. 4) 총담관에 도관 삽입, 양막 융모 생검 등과 같은 새로운 적응증이 나타나고 있으나 예방 효과가 충분히 연구되지 않았고, 결과가 나올 때까지는 이전의 항균제 예방 원칙에 따라 예방할 것을 권하고 있다. 5) 새로운 항균제가 개발되고 예방 효과에 대해 연구되고 있으나 연구결과가 의미를 갖기에 필요한 기준(3)을 지키지 않아 대부분 연구결과를 해석하기 어렵고, 이런 원인이 관여해서인지 우수한 항균력과 약리 성질을 갖는 항균제도 기존의 항균제보다 예방 효과에서 우수한 점을 찾기가 어렵다. 6) 새로운 분석 방법의 사용으로, 수술 수기의 개선과 예방적 항균제 사용으로 수술 부위 감염률이 낮아진 현재로서는 예방적 항균제의 예방 효과 차이를 알기 위해서 대상환자 수가 적어도 1,000명 정도 되야 하나, 이전까지 연구에서는 대상환자 수가 적어 통계적 의미를 알기 어려웠다. 결과적으로 대부분의 예방적 항균제에 대한 논문이 "대조군과 비교에서는 항균제 사용군에서 감염률이 낮았고, 두 약제의 비교에서는 감염률에 차이가 없었다"로 나올 수밖에 없었으나, 이런 결과들을 종합하는 분석방법(metaanalysis)이 많이 사용되면서 좀 더 실제에 가까운 결과들을 알게 되었다(4).